Het merendeel van de waterlichamen kreeg een matige of ontoereikende eindbeoordeling voor hydromorfologische kwaliteit. 7 % van de waterlichamen heeft een goede hydromorfologische kwaliteit. Het percentage waterlichamen met een zeer goede of slechte kwaliteit is bijzonder klein.
Kunstmatige Vlaamse waterlichamen (kanalen zoals het Albertkanaal) vertonen logischerwijs doorgaans minder natuurlijke structuurkenmerken. Bij de waterlopen scoren de Vlaamse waterlichamen over het algemeen wat minder goed dan de lokale waterlichamen van 1e orde (wat kleinere waterlopen).
Een ontoereikende of slechte score wijst meestal op (gedeeltelijk) rechtgetrokken, ingebuisde, verbrede en/of verdiepte waterlopen; ingrepen uit het verleden met als doel het water zo snel mogelijk af te voeren en/of de bevaarbaarheid te bevorderen.
Een matige hydromorfologische kwaliteit wijst eerder op kleinere ingrepen zoals oeververdediging of het ontbreken van waardevolle elementen zoals vegetatie of dood hout binnen de bedding als gevolg van een intensief onderhoudsbeheer. Oevers werden verstevigd en stuwen werden geïnstalleerd om het waterpeil te regelen.