Vlaamse waterlichamen zijn de grotere watersystemen, ze hebben een afstroomgebied groter dan 50km². Heel wat Vlaamse waterlichamen kampen nog steeds met te hoge nutriëntenconcentraties. In 2025 bedroeg het percentage waterlichamen dat aan de norm voldoet:
- nitraat: 67%;
- stikstof totaal: 37%;
- fosfaat: 33%;
- fosfor totaal: 8%.
Huishoudens hebben het grootste aandeel in de netto-emissies naar het oppervlaktewater met fosfor, landbouw heeft het grootste aandeel in de stikstofverontreiniging.