Vlaamse waterlichamen zijn de grotere watersystemen, ze hebben een afstroomgebied groter dan 50km². Heel wat Vlaamse waterlichamen kampen nog steeds met te hoge nutriëntenconcentraties. In 2024 bedroeg het percentage waterlichamen dat aan de norm voldoet:
- nitraat: 67%;
- stikstof totaal: 35%;
- fosfaat: 31%;
- fosfor totaal: 7%.
Huishoudens hebben het grootste aandeel in de netto-emissies naar het oppervlaktewater met fosfor, landbouw heeft het grootste aandeel in de stikstofverontreiniging.