Om de ecologische toestand van de waterlopen te verbeteren, is het vooral nodig:
- de hydromorfologische kwaliteitselementen van de waterlopen, zoals oeverstructuur en meandering, verder te verbeteren;
- de stikstof- en fosforverliezen uit de landbouw verder aan te pakken;
- de aanwezigheid van gevaarlijke stoffen, waaronder pesticiden, verder terug te dringen;
- de openbare waterzuivering verder uit te breiden en te verbeteren.
De stroomgebiedbeheerplannen bepalen wat Vlaanderen zal doen om de toestand van het oppervlaktewater en het grondwater te verbeteren. Alle maatregelen en acties om de toestand van de watersystemen te verbeteren of de overstromingsrisico's beter te beheren, zijn samengebracht in het maatregelenprogramma. Voor de biologische kwaliteitselementen zijn vooral Groep 7B - Verontreiniging oppervlaktewater, Groep 8A - Hydromorfologie en Groep 8B - Waterbodem van belang.
Naarmate de ecologische kwaliteit van de waterlopen verbetert, wordt het steeds belangrijker om incidentele verontreinigingen snel aan te pakken en de ecologische schade in te perken.
Maatregelen om overstromingen te beperken, kunnen ook positieve effecten hebben op waterplanten omdat bij extreem hoge afvoerdebieten (overstromingen) de bedding van de waterloop kan uitspoelen en daarmee dus ook het substraat waarin waterplanten geworteld zijn. Ook de aanpak van Chinese wolhandkrabben kan gunstige effecten hebben omdat zij ernstige schade kunnen toebrengen aan waterplanten.
